AMEA Botanika İnstitutu rəsmi bir qurum kimi 1936-cı ildə SSRİ Elmlər Akademiyası Zaqafqaziya filialının Azərbaycan botanika bölməsinin bazasında təsis edilmişdir. Uzun illər Botanika İnstitutunda 3 cəmiyyət fəaliyyət göstərmişdir: Azərbaycan Botaniklər Cəmiyyəti, Azərbaycan Bitki Fizioloqları Cəmiyyəti, Azərbaycan Biokimyaçılar və Molekulyar Bioloqlar Cəmiyyəti. Azərbaycan Botaniklər Cəmiyyəti 1999-cü ildən müstəqil fəaliyyətə başlamışdır. 2005-ci ildə Azərbaycan Botaniklər Cəmiyyətinin bütün özəklərində Cəmiyyətin Yeni Nizamnaməsi müzakirə edilmiş, ayrı-ayrı şöbələr üzrə say tərkibi müəyyənləşdirilmiş və ümumi forma üzrə cəmiyyətə üzvlük vəsiqələri hazırlanmışdır. Azərbaycan Botaniklər Cəmiyyətinin hər il ümumi və büro iclası keçirilmişdir. Bu iclaslarda ayrı-ayrı filialların sədrlərinin hesabatları, botaniki yeniliklər və dəyişiklər haqqında məlumatlar, o cümlədən xarici səfərlər barədə məruzələr dinlənilmiş və müzakirə edilmişdir. 22 iyun 2018-ci ildə Respublika botaniklərinin iştirakı ilə keçirilən Azərbaycan Botaniklər Cəmiyyətinin Ümumi yığıncağıda Cəmiyyətin Nizamnaməsinin II redaksiyasına dəyişikliklər layihəsi təqdim olunub. 7 aprel 2022 ci il tarixində AMEA-nın Botanika İnstitutunda Azərbaycan Botaniklər Cəmiyyəti ictimai birliyinin növbəti ümumi yığıncağı keçirilib. Yığıncaqda cəmiyyətin İdarə heyətinin yenidən seçilməsi, rəsmi internet səhifəsinin bərpası, loqosu və çap işlərinin formatına dair geniş müzakirələr aparılıb. Səsvermə yolu ilə ABC ictimai birliyinin sədri Botanika İnstitutunun icraçı direktoru, b.e.d. Şakir Qasımov, məsul katibi b.ü.f.d. Nuri Mövsümova seçilib. Maliyyə məsələləri isə b.ü.f.d. Gülnar Qasımovaya həvalə edilib.